植物保护系最早成立于1987年，目前是生物与资源环境学院的一个系级单位，现有1个本科专业和2个硕士学位授予点，分别是植物保护（植物医学）本科、植物保护学术型硕士、资源利用与植物保护领域农业专业硕士。植物保护一级学科设有昆虫学、植物病理学、农药与环境安全3个研究方向。培养目标为立足首都及京津冀地区，培养掌握植物保护基础理论与实践技能，具备病虫害诊断、综合防控、技术研发及管理能力的复合应用型人才。

植物保护系拥有一支充满活力、高素质的教师队伍。目前共有教授5人，副教授8人，讲师4人，实验师2人，博士学位人数占84%。其中享受国务院特殊津贴专家1人，北京市科技新星3人，北京市中青年骨干教师、北京市青年拔尖创新人才、青年英才、北京市组织部优秀人才各1人。近五年承担国家自然科学基金9项，北京市自然科学基金6项，其他省部级及以上科研项目近20项；在国内外期刊发表学术论文100余篇，其中，SCI论文40余篇；出版教材和专著10余部；两门专业主干课《普通植物病理学》和《普通昆虫学》被评为北京市精品课程，《普通植物病理学》多媒体课件获北京市教学成果奖。

植物保护系教学、科研设备齐全，设施完善。现有植物病理学实验室、昆虫学实验室、农药与环境安全实验室、无菌室、养虫室等专业实验室600余平方米，日光温室1100平方米。校外实习基地10个，实验室现有仪器设备400余台(件)，为师生教学和科研提供了很好的平台与保障。

植物保护系现有在读本科生230余名，硕士研究生40余名。在教学上，植物保护系致力于培养能从事农产品安全生产技术研发与应用、林木花卉健康保护、农用化学品研发及安全使用、进出口植物及植物产品检疫、农产品质量安全管理和环境评价，以及相关产品营销等方面的合格的应用型和复合型人才。近年来，植物保护专业毕业生就业形势良好，连续多年一次签约率均为95%以上，就业率达100%。大部分毕业生选择了继续深造，或在海关、植物检疫部门、植保站，以及与植物保护专业相关的行政和企事业单位就职，部分毕业生已成为单位的骨干。