生物工程专业成立于2006年，是北京市一流本科专业建设点。在十几年的发展过程中，生物工程专业始终努力提高与社会和行业需求的契合度，特别是在“十四五”生物经济发展规划背景下，该专业在生物农业和生物质资源高值化应用等新一代生物制造领域具有鲜明特色和明显优势，工程化促进都市农业转型升级，为社会培养和输送生物领域专业技术人才。生物工程专业具有高水平的师资队伍，全部教师均是来自国内外知名学府的博士和博士后，多次获得省部及国家级教学与科研奖励。同时以生物工程一级学科和生物与医药领域硕士授权点为学科支撑，依托北京农学院国家级大学科技园和农业农村部都市农业重点实验室等先进的生物学研究教学科研平台，为本专业的人才培养奠定了坚实的基础。

本专业培养德、智、体、美、劳全面发展，具有人文科学素养、生态环境意识和创新精神，具备生物学和工程学基础知识，掌握生物学的科学原理，能够在农业、医药、食品、环保等生物相关领域从事生产管理、技术服务、科学研究、工程设计等工作的复合应用型人才。

生物工程系教师博士学位占比100%，50%教师具有海外学习经历。生物工程系全员参与教学改革实践，积极改革和探索多样化教学方法和手段，不断提高教学质量。近年来主持各级各类教改项目28项，教学成果获奖40项。现有教学团队3个，团队中现有北京市优秀教师1人，北京市中青年骨干教师5人。在北京市青年教师教学基本功大赛中获得二等奖1人次，北京农学院青年教师教学基本功大赛中获一等奖2人次。生物工程教学团队先后获评全国巾帼建功先进集体、北京高校优秀育人团队。专业教师中现有北京市科技新星2人，承担各级各类科研项目40余项，发表各类论文300余篇，其中SCI高水平研究论文近100篇。授权国家发明专利40余项，国际PCT专利2项。

生物工程系设有生物工程学术硕士及生物与医药专业学位硕士授权点，拥有科研实验室及尖端实验设备，为学生提供了优越的实践锻炼环境。生物工程系与相关科院所、行业龙头企业等单位，围绕社会与行业需要开展实习工作，实习基地主要有中关村生命科学园、北京大兴生物医药产业基地、中国科学院、中国农业科学院、北京生命科学研究所、中牧集团、中粮集团、首农集团、大北农集团等，校企协同育人机制为学生实践、动手的培养提供了良好的基础。

本专业开设的主要课程为：普通生物学、生物化学、化工原理、微生物学、细胞生物学；分子生学与基因工程、发酵工程、生物反应工程、生物分离技术与工程设备。都市农业、环境与健康相关的特色选修课程等。在理论学习的同时，本专业全面加强学生实践技能的培养，切实提高学生综合素质。采取3+1"培养模式，3年理论学习和实践教学，校内阶段实践环节围绕理；课程开展，主要包括胰蛋白酶分离纯化、谷氨酸发酵提取、基因克隆载构建与表达等；1年的专业实习和毕业实习阶段。通过科学、系统的培养，学生不仅掌握了扎实的理论知识，还具备了实践操作的熟练技能。学生在全国大学生生命科学竞赛、挑战杯、中国国际大学生创新大赛、北京市化工原理大赛等重要赛事中表现出色，屡获佳绩。大量学子成功考入哥伦比亚大学、伦敦国王学院、东京工业大学、中国农业大学、中国科学院等国内外著名学府深造。

学生毕业后能够胜任生物化工、生物制品、都市型现代农林业、食品工程、医药卫生、环境保护、生物能源等相关行业的应用研究、技术开发、生产经营及行政管理等工作，就业单位如：中国生物制品研究所有限责任公司、北京科兴生物制品有限公司、北京天坛生物制品有限公司、中国食品药品检定研究院、军科华仞药物研究有限责任公司、北京万泰药业股份有限公司等。近年来，学生就业率一直稳定在96％以上，行业内就业率大于60％，毕业生在北京地区就业的人数超过80％，为服务首都经济社会发展输送了大量有生力量。